Il documento più antico che cita Colle d’Anchise risale al 1314, laddove è chiamato “Corranchisio”, ma il territorio sul quale insiste l’attuale comune è stato abitato fin dall’età sannita, e a testimonianza di ciò, i frammenti di laterizio risalenti al IV- II sec. a.C., ritrovati in località S. Giovanni e Collalto, (alcuni con l’indicazione del “meddix”, alta autorità sannitica) potrebbero far supporre in loco, l’ubicazione di un importante edificio (tempio o torre di avvistamento) risalente a tale periodo.

Con l’avvento dei Romani anche i siti sanniti di Colle d’Anchise furono distrutti o riutilizzati per l’insediamento di colonie e municipi. A tal proposito l’iscrizione  risalente al I sec. d.C. e altri resti rinvenuti in località Fonte dei Ceci, sono testimonianza di accadimenti relativi a quest’epoca.

E’ verosimile che la torre inglobata nei ruderi del “Castello” di Colle d’Anchise possa essere sorta in tale frangente e quindi può essere datata tra il IX e XI sec. d.C. Essa è sicuramente la struttura superstite più antica che ancora oggi si può vedere in paese, insieme ai ruderi del Palazzo Ducale di età sei-settecentesca, del quale oggi rimangono sempre meno tracce se si esclude un tratto, ancora ben conservato, del possente muro a scarpa che controlla dall’alto la valle del Biferno.

L’eta feudale segna il passaggio di numerose famiglie notabili, che si avvicendano a capo dell’abitato : i Pandone, i Sanframondo, i Mormile i Tomacelli, e a ridosso dei primi anni del Settecento, la prestigiosa famiglia di Costanzo.
Questa, venuta nel Reame con le armi di Enrico VI, fondatore della monarchia sveva di Napoli, emerse nel secolo XIII e fu ascritta al Seggio di Montagna con l’Arma consistente in uno scudo spaccato di azzurro, con un leone andante di oro nel campo superiore, e nel campo inferiore sei coste contrapposte di argento.       
Fulvio di Costanzo, Principe di Colle d’Anchise e duca d’Isernia, deceduto nel 1724, ebbe in dedica la mappa topografica, realizzata dall’abate Pacichelli nel 1703, ove è raffigurato il Contado di Molise, ed inserita nel volume concernente il “Regno di Napoli in prospettiva” Lo stemma della famiglia di Costanzo, al quale si è accennato, è ben conservato presso l’altare del SS. Sacramento, posto nella navata laterale sinistra della Chiesa parrocchiale di Santa Maria degli Angeli.

Lo scrittore Francesco Jovine, nel 1941 salendo da Bojano a Civita Superiore, vide Colle d’Anchise e ne chiese notizie al cocchiere : “Quello di fronte - mi dice il mio cocchiere - è Colle d’Anchise - Perchè d’Anchise ? Mi ha sorpreso all’improvviso contro ogni ragione storica e geografica, il desiderio di una bella leggenda classica. Ma i vetturini non rispondono mai a domande inutili. Il mio ha voltato le spalle, si è chinato e si è messo a strappare erbe intorno per fare un mucchio davanti al suo cavallo che aveva prima liberato dal morso”. Purtroppo il toponimo del paese non ha nulla a che fare con l’Anchise principe troiano Probabilmente, nel periodo medievale Anchise doveva essere una persona alla quale apparteneva il colle intorno al quale sorse poi l’abitato del paese, e da qui il nome Colle d’Anchise.

Arte e Architettura

Nel paese interessanti da visitare sono :

i già citati ruderi del Palazzo ducale seicentesco con la torre di età longobarda inglobata nel muro di cinta;
la chiesa madre di Santa Maria degli Angeli, di età medievale, come testimonia un pregevole battistero ottagonale in pietra risalente al 1300 circa conservato al suo interno. Nella parrocchiale, vi è anche  l'importante ciclo di affreschi realizzato dal maestro Amedeo Trivisonno negli anni che vanno dal 1934 al 1936, probabilmente tra le opere più significative dell'artista molisano, che ha qui riproposto temi cari all'arte sacra quali l'Ultima Cena, l'Assunzione e l'Ascensione.

La Chiesa di San Sisto che conserva al proprio interno un acquasantiera in pietra del 1700 e la statua lignea del Santo Patrono di Colle d'Anchise, San Sisto;

la cappella di San Nicola, situata in un'area boscosa di grande interesse naturalistico, in località omonima.

La cappella di Santa Margherita, sorta su i ruderi di un vecchio tempio pagano e circondata da un rigoglioso bosco di querce