La sua fortuna cessò con l’avvento dei romani, che preferirono insediare la loro colonia di Bovianum nella vallata sottostante.
Dopo il 602 d.C. il Sannio, allora occupato dai Goti, subì l’invasione longobarda.
Nel 667, i duchi longobardi di Benevento concessero le terre di Boiano e dintorni al guerriero mercenario bulgaro Altzeco (o Alczeco) che le acquisì come gastaldo (amministratore per conto del Re).
Iniziò così la dominazione bulgara, pacifica e ben accetta dalla popolazione del luogo, che con la pace conobbe un periodo di crescita e prosperità che portò alla costruzione di abitazioni eleganti e chiese.
Tutto il benessere raggiunto fu distrutto dalle violente incursioni saracene degli anni 860–882. Bojano fu tra i centri più danneggiati insieme con Venafro, Sepino e Isernia. La sua popolazione ricominciò l’esodo verso la rocca, dove era più facile difendersi.
In quel periodo si costruì la cittadella fortificata. La cinta muraria del borgo fu allargata fino al castello, che mantenne la funzione di fortificazione-rifugio.Alla metà del X secolo, con il declino del regno longobardo, il gastaldato si trasformò in contea e la dominazione passò ai normanni.
La contea di Bojano fu affidata al francese Rodolfo de Moulins e sotto la sua egemonia conobbe un periodo di forte sviluppo sociale, economico e culturale.
Fu con Ugo I, detto Ugone, discendente di Rodolfo, che si riunirono le nove più importanti contee della regione nell’unica contea di Bojano o del Molise.
In questo periodo il castello, pur rafforzando le sue funzioni difensive, fu trasformato in sede signorile. L’intero borgo iniziò a configurarsi come “centro abitato difeso”, comprendente all’interno sia la dimora del signore sia alcune abitazioni private.Nel 1128 il castello si trovò al centro delle battaglie tra Ugo II, nipote di Ugone, e Ruggiero II Re di Sicilia.
Il conte, sconfitto, fu prima allontanato da Bojano poi reintegrato come “giustiziere” in gran parte dei suoi territori, probabilmente grazie al suo matrimonio con la figlia naturale di Ruggiero II.
Nel 1142 il re di Sicilia affidò a Ugo II l’intera contea del Molise ma alla sua morte, non avendo eredi, la contea passò alla corona.
Agli inizi del '200 la contea passò ai conti di Celano.
Nel 1220, con l’incoronazione di Federico II, ricominciarono le lotte. Tommaso da Celano non obbedì all’ordine di smantellare le fortezze di Bojano e di Roccamandolfi, suscitando l’ira di Federico II, che attaccò Bojano.
Dopo una serie di battaglie e assedi, Tommaso riuscì a mantenere il dominio di tutta la contea, a esclusione della rocca di Bojano che Federico II riservò per sé. Nel 1229, dopo un’ennesima sconfitta di Tommaso da Celano, la contea passò al demanio regio. Successivamente fu assegnata a Corrado IV, figlio dell’imperatore, che ne ordinò il restauro.
Con la dominazione angioina e il successivo frazionamento della contea, la rocca di Bojano fu assegnata a Roczolino di Mandroles.
Tale periodo fu contrassegnato da un forte rinnovamento economico e sociale e dalla ripresa degli scambi commerciali. Un nuovo impulso fu dato alla transumanza, di cui la rocca di Bojano aveva rappresentato un fulcro.

Nel 1400 il possesso del castello passò alla famiglia Pandone.

Tra il 1489 e il 1519 il Vescovo Silvio Pandone, a capo della Diocesi di Bojano, costruì la nuova cattedrale di San Bartolomeo e migliorò la struttura della rocca adibendola a residenza estiva.

Nella seconda metà del 1700, l'edificio visse un periodo d’abbandono e di povertà, destinato a perdurare e ad aggravarsi per la carenza d’acqua.

Nel 1943 il castello fu bombardato e distrutto.
Nel 1960 la parte nord del castello fu utilizzata per costruire un belvedere.

La struttura dell’edificio è rettangolare con una lunghezza di circa 116 mt. ed una larghezza di 30 mt.
La struttura interna prevedeva tre zone: un primo recinto detto “Ricetto” che serviva da primo rifugio per la popolazione nei casi di massimo pericolo; una zona riservata a residenza del Signore e la “corte alta” che accoglieva i cortigiani.

L’ingresso al borgo era situato sul lato est, ma oggi esso è andato quasi completamente distrutto. Di tale fronte è visibile, infatti, solo un tratto di mura.Sul lato nord vi era una torre-cisterna di forma circolare oggi sostituita dal belvedere, costruzione moderna che poggia in parte sulle antiche mura del castello. Nell’angolo ovest, invece, era collocata la torre mastio...